Uma maneira muito rápida de se familiarizar com o clipit é ver apenas a documentação que ele traz:
man clipit
mas uma maneira de começar é iniciar o programa com antecedência:
clipit &
você notará um novo ícone na sua bandeja (à esquerda da maioria dos ícones):
se você clicar com o botão direito do mouse nele, verá o item de preferências, de onde você pode personalizar o programa de acordo com as suas necessidades, e funciona da maneira que você diz.