Na inicialização do sistema:
Adicione ao final de /etc/rc.local :
(cd ~your_username/path_to_source/ && sudo -u your_username java -cp ...) &
(Talvez seja melhor criar um trabalho do Upstart )
No logon:
Abra "Sistema - Preferências - Programas de Inicialização" ( gnome-session-preferences ) e adicione seu programa lá.