Você terá que definir 'congelamento' - você ainda pode usar o mouse e o teclado do cliente enquanto isso está acontecendo? Como você está executando um servidor Windows, pode pressionar Alt + Ctrl + Del para causar uma ação no servidor enquanto ele estiver congelado? Qualquer uma dessas duas ações significa que as máquinas não estão realmente congeladas, mas há algum problema com o Synergy.
Se, por outro lado, nenhuma dessas duas ações for possível, então seu problema está em outro lugar, pois não é possível que o Synergy bloqueie totalmente um computador dessa maneira. Pode estar fazendo algo que desencadeia um bug em outro lugar (por exemplo, drivers de rede ou placa de vídeo), o que resulta em um bloqueio, mas, nesse caso, o bug é externo ao Synergy.