Na verdade, o Subtitle Workshop não codifica legendas em arquivos de vídeo. Apenas permite visualizar / editar legendas. É o seu player de vídeo que decide onde as legendas serão posicionadas no arquivo de vídeo. Por exemplo, no VLC , você tem a opção de ajustar a posição das legendas para cima e para baixo na tela.
Se você estiver procurando por um programa para mostrar duas legendas ao mesmo tempo (uma na parte superior e outra na parte inferior), veja as respostas para esta pergunta: Programa para mostrar dois idiomas de legenda ao mesmo tempo.
Para descobrir como codificar legendas em arquivos de vídeo, leia esta pergunta: Como codificar um filme com legendas?