Eu não tenho idéia se isso vai economizar energia, mas você pode adicionar o parâmetro do kernel "maxcpus" ao inicializar. Isso controlará o número de CPUs nas quais os processos podem ser agendados. Mas eu não tenho idéia de quais são as implicações do poder ou se é possível "desligar" (no sentido de remover completamente a atração atual do circuito) um núcleo.
É possível fazer isso na BIOS, se for compatível. Obviamente, YMMV, dependendo da máquina exata, eu ficaria surpreso ao encontrar muitos que o suportam. Eu não acho que há alguma maneira de fazer isso na hora, no entanto. (Além disso, se esses núcleos não estiverem carregados, duvido que você veja uma diferença significativa no consumo de energia de qualquer maneira.)