Muitas pessoas tiveram esse problema. A única explicação é um bug no programa de email. Você tem sorte de que, no seu caso, o remédio foi tão simples quanto reiniciar o Mail. Outras pessoas tinham que mexer nos arquivos do Mail. A consulta do Google os e-mails do Apple Mail duplicados retornam 1.330.000 resultados!
Se você gostaria de ler sobre os problemas de outras pessoas a esse respeito e suas soluções, algumas das referências que encontrei são:
Mail.app: Mensagens duplicadas
OS 10.6 - O correio está mostrando mensagens recebidas duplicadas!
< href="http://discussions.apple.com/message.jspa?messageID=8822378"> E-mails duplicados extraídos do servidor sempre que as mensagens são verificadas
Snow Leopard - Exchange Mail: mensagens duplicadas
Não há motivos comuns entre os casos e, na maioria dos casos, uma manipulação trivial de algum arquivo do Mail foi suficiente para retroceder à condição de trabalho.
Se você continuar tendo problemas com o Mail, eu sugiro que você mude para outro cliente de e-mail (como o Thunderbird).