No Windows 2000, Windows XP e Windows 7, o Windows Explorer mostra apenas as subpastas filhas imediatas no comportamento padrão.
Acho que mais informações seriam necessárias para entender o problema que levou à pergunta original.
Para aproximar esta questão (já que não parece claro a partir da descrição original qual é o problema), estou resumindo a informação dada por Dennis e Steve nos comentários.