Instale PulseAudio Volume Control do Ubuntu Software Center. Em seguida, vá para a aba "Input Devices" e silencie um dos canais. Você também pode escolher configurações por aplicativo, iniciar o Google Hangouts e ir para a guia "Gravação", onde encontrará seu aplicativo, e aqui também é possível alterar as configurações de gravação para um aplicativo específico. A terceira maneira é escolher o perfil adequado na aba "Configuração".
Eu não experimentei seu problema específico, mas o Controle de Volume do PulseAudio é um aplicativo muito bom com muitas opções, ajudou-me a resolver vários outros problemas muitas vezes, então estou quase certo de que ajudá-lo com este caso também.