Descobri que fornecer a opção -p para o comando /ignore faz o que preciso mantendo um usuário ignorado depois que o cliente sai.
Exemplo:
/ignore -p NICKNAME
No Colloquy, eu tenho alguns nicks definidos para serem ignorados, mas sempre que eu abro Colloquy depois de sair, os ignorantes não estão mais em vigor e eu tenho que re-ignorar os nicks. Existe alguma maneira de ter uma lista de ignorados permanentes para que minhas ignorações persistam entre quites?