Eu presumo que o erro que você obteve ao tentar inicializar o Windows depois que a unidade SCSI foi removida é algo como: "Não é possível encontrar o ntldr". Existem alguns arquivos na raiz da unidade de inicialização que o Windows precisa para inicializar:
boot.ini
ntldr
Copie-os para a raiz da partição do Windows da nova unidade de inicialização.
Verifique também se as entradas no boot.ini apontam para o local correto:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)
Pode ser necessário alterar as opções de disco e / ou partição.