Se o sistema 2 é bastante apertado em RAM, isso poderia explicar: o kernel está gastando tempo trocando outros aplicativos. Se minha teoria estiver correta, os resultados não devem ser muito repetitivos, porque o sistema 2 terá liberado memória RAM suficiente para uma segunda execução.
Caso contrário, o comentário de eumino sobre as diferenças em / tmp poderia explicá-lo (/ tmp está quase cheio e fragmentado?), mas esse é um cenário menos provável na minha opinião.