Consegui que meus temas de ícones funcionassem:
- Formatando meu disco e instalando o 16.04 novamente
- Baixando meus temas / temas de ícones e instalando-os manualmente, não com o método PPA (não sei se isso é importante)
- Instalando o Unity-Tweak-Tool do SOFTWARE CENTER (!) não funciona para mim se eu instalá-lo por terminal.
Redefinindo minha configuração com
$ dconf reset -f /org/compiz/
$ setsid unity
funcionou, mas teve que ser digitado em cada inicialização. Houve também uma resposta a uma pergunta semelhante ( Ubuntu 14.04.1 - Unity Tweak Tool não funciona? ) insinuando que você teria que redefinir sua configuração, limpar a unidade, atualizar e instalá-lo novamente a partir do centro de software, mas isso não funcionou para mim, eu tive que reinstalar o Ubuntu .
Como observação: também alterei a inicialização para inicializar o UEFI primeiro e desativei o Logical Volume Management na instalação, mas duvido que tenha algum efeito sobre essa solução.