Primeiro, defina o proprietário do aplicativo como root (se já não estiver):
sudo chown root:root /path/to/app
Em seguida, configure os direitos com chmod, por exemplo:
sudo chmod 700 /path/to/app
Isso daria root o direito de ler, escrever e executar enquanto todos os outros usuários não têm direitos. Existem outras combinações possíveis. O número 4 é para leitura, 2 para gravação e 1 para execução, apenas adicione o que você quiser.
Se o seu comando for chmod xyz
, x serão os direitos do proprietário, y do grupo e z dos outros.