O Google Chrome e o Chromium do repositório do Ubuntu usam locais diferentes para seus perfis, portanto, você pode executar os dois e eles não interferem uns com os outros.
O Chromium que vem no repositório do Ubuntu é baseado na versão estável do Chrome, então se você quiser algo mais inovador, a equipe do Chromium fornece PPAs de compilações estáveis, beta, dev e diárias do Chromium.