99% do tempo a diferença é puramente elétrica e não faz diferença para nada no software de uma forma ou de outra.
Dependendo da sua placa-mãe, o processo POST em uma inicialização a quente pode ser diferente - pode não fazer as mesmas inicializações em placas de vídeo e rede, não executar os mesmos testes de memória, etc ... isso realmente varia de máquina para máquina, mas é provavelmente a razão para muita da discrepância que você está vendo em sua máquina particular. Sem saber especificamente o que é, hesitaria em conjeturar sobre quais configurações poderiam atingir seu objetivo - estou curioso para saber por que você quer desacelerar de qualquer maneira?
Também é possível que o seu disco rígido apenas gire de um início frio REAAAAAAAAALLALLY lentamente, mas teria que ser muito lento para fazer muita diferença no tempo de inicialização. Mas é certamente possível.
Você também pode ver aqui e aqui para um pequeno insight quanto aos detalhes.