Sim, isso funcionará, mas também há um ponto em que somente um ipod / iphone pode ser sincronizado com um sistema por vez, então toda vez que ele alternar os sistemas, ele terá que apagar tudo e sincronizar tudo novamente.
A maneira de evitar isso, é ter certeza de que os arquivos de configuração do iTunes são idênticos em ambos os sistemas, assim o iTunes acha que você ainda está usando o mesmo telefone nos mesmos sistemas.