Na ordem pedida:
1) As fontes instaladas fazem parte do Windows. Enquanto você pode "escondê-los", apenas alguns softwares suportam esse recurso. ( source )
2) A falha dos aplicativos geralmente significa que algo está corrompido. Eu tentaria um reparo ou uma desinstalação e reinstalação do aplicativo. Eu recomendaria não usar versões antigas do office (pré 2007), pois elas podem ficar instáveis no novo ambiente.
3) Dependendo de onde o atalho está realmente localizado, pode ser necessária uma elevação de direitos de usuário do UAC. Se você não desativou " Admin Modo de Aprovação ", então ele pode estar lá, esperando que você aprove a exclusão.
4) Existem pastas especiais chamadas "pontos de junção" espalhados no Windows 7, que você não pode acessar. Essas pastas especiais são na verdade atalhos que apontam para outro lugar do sistema. Isso foi adicionado para suportar software legado que tenta acessar esses locais. Eu simplesmente os ignoro e tento não usar software antigo. ( source )
Finalmente, se você está procurando uma maneira de atualizar seu sistema offline, o WSUS Offline é o caminho a ser seguido. Você poderá baixar todas as atualizações de um produto da Microsoft e empacotá-las em um arquivo ISO. Você, então, gravá-lo e executar o instalador na máquina off-line. É grátis, fácil e funciona muito bem.
Espero que isso ajude