Como TomWij apenas comentou e não respondeu, eu não posso aceitar isso como resposta, então graças a ele isso funcionou: - /
Não sei porquê, mas parece que de alguma forma a permissão para estas pastas para a conta "SYSTEM" foi retirada das pastas que não puderam ser pesquisadas. Não me ocorreu um problema de permissão, pois não tive nenhum problema em acessá-los. O serviço de pesquisa do Windows parece ser iniciado como usuário do sistema, por isso, faltava exatamente essas permissões.