No meu caso, era o Windows 7 Professional 64bit com todos os perfis de usuário e ProgramData movido para a unidade D: (durante a instalação do Windows 7).
Eu verifiquei os registros em:
D: \ Usuários \ Wojtek \ AppData \ Local \ xdg \ cache \ ubuntuone \ log
e encontrei isto:
exceptions.IOError: [Errno 2] No such file or directory: u'C:\ProgramData\ubuntuone-storageprotocol\UbuntuOne-Go_Daddy_Class_2_CA.pem'
Era óbvio que não há C: \ ProgramData \ ubuntuone-storageprotocol na minha unidade C: porque estava em D::)
Eu criei o symlink (com cmd.exe como administrador):
mklink /D C:\ProgramData\ubuntuone-storageprotocol D:\ProgramData\ubuntuone-storageprotocol
e reiniciei o Ubuntu One - e ele começou a funcionar!