Uma solução simples é usar ' tar ' para fazer seus backups diários. E eu sugiro que você faça backups completos todos os dias, porque um backup de site normalmente não é um grande trabalho (poucos minutos para um backup completo). De qualquer forma, para o seu banco de dados (arquivo .sql), você simplesmente não tem a opção de fazer um backup completo dele.
tar cvf /srv/backup/backup.tar /website/directory