Provavelmente uma combinação de tempo para carregar via USB (mais ainda se estiver em uma porta USB-1) e tempo de giro, se o seu disco USB ficar lento quando estiver ocioso por um tempo.
Acabei de notar uma coisa interessante no windows xp.
Quando executo um programa a partir da linha de comando, o tempo de espera para iniciar o programa varia consideravelmente, dependendo do diretório atual. Quando o diretório atual é o mesmo que o programa de destino, o programa é iniciado instantaneamente. Mas quando o diretório atual é um disco usb externo, a execução começa depois de um tempo.
Isso está relacionado ao meu disco usb externo ou ao algoritmo de busca de caminho do windows xp?