Este é um problema maluco.
Estou usando o server 2003 como minha máquina de desenvolvimento.
Quando clico em um "ícone de programa" (não sei se é a palavra certa) na barra de tarefas, às vezes ele traz o programa com o qual clicarei junto com outra janela.
A outra janela "piggy back" que é trazida está atrás da janela que eu cliquei, mas na frente de todas as outras janelas.
Por exemplo, estou no outlook e clico em uma janela do explorer para ver meu sistema de arquivos. A janela do explorador virá para a frente, mas pode trazer minha janela do navegador com ela, que é tela cheia. Agora eu tenho o meu navegador cobrindo o Outlook, com a janela do meu explorador em cima disso.
Isso nem sempre acontece e os programas exibidos não são consistentes.
Para piorar as coisas, isso parece acontecer somente depois de eu estar em um aplicativo por um tempo (5 min), de modo que não seja reproduzível.