Synkron seria mais adequado para isso. Eu uso diariamente para sincronizar entre o meu Mac e um compartilhamento do Windows. O CCC não funcionaria porque prefere preservar todos os metadados do OS X disponíveis apenas em um sistema de arquivos HFS +, não no FAT32. O Synkron só se preocupa com os dados principais nos arquivos e não preserva nada. Portanto, não é bom fazer backup de uma instalação inteira do OS X, mas é bom para sincronizar arquivos. Do site da Synkron:
Synkron is an application for folder synchronisation that allows you to configure your synchronisations in detail. Despite having many features, the user interface of Synkron is very user-friendly and easy to use.