Se o seu problema é o layout das partições, você pode usar qualquer produto de particionamento.
Basta baixar a imagem do CD de inicialização de qualquer produto de particionamento e inicializá-lo como você faria com um computador físico real. O GParted é uma escolha possível.
Se as partições não forem redimensionadas, a desfragmentação poderá ser necessária. Embora o sistema de arquivos no Linux seja organizado de maneira mais eficiente que no Windows, ele não está imune a essa necessidade. O Desfragmentador do sistema de arquivos Linux é uma solução possível.
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Desculpe perder o kernel.
Estranho: Ter um sistema de arquivos com 1% de uso que não pode ser redimensionado é realmente estranho.
Você tem arquivos grandes que você apagou?
Em qualquer caso, os desfragmentadores para ext3 são raros, ao contrário do ext4, que é planejado para incluir eventualmente um utilitário de desfragmentação online. No entanto, aqui estão alguns utilitários que podem funcionar melhor com o seu disco. Certifique-se de ler bem os arquivos README.
OShake é um desfragmentador que é executado no espaço do usuário, sem a necessidade de corrigir o kernel e enquanto o sistema é usado (por enquanto, apenas no GNU / Linux).
Defrag o primeiro é um script no nível do shell.
Defrag o segundo é outro script no nível do shell.