Se você estiver falando sobre as ferramentas bibliográficas internas do Word 2007, não. Eles são basicamente apenas códigos de campo, então colocar o mesmo campo duas vezes lhe dará o mesmo resultado duas vezes.
Mas você precisa de duas bibliografias? Pode ser possível usar uma bibliografia e simplesmente dividi-la em duas partes. Não será fácil, mas você pode escrever uma rotina de classificação xslt para cuidar disso.
Para uma diretriz básica sobre como escrever um estilo de bibliografia, consulte link