O que você provavelmente teria que fazer é codificar o autorun.exe (ou o que você quiser que seu .inf inicie automaticamente) de forma que a primeira coisa que ele faça é detectar se o .NET está instalado. Se estiver, ele executa o executável que suporta o .NET. Se não for, ele executa um executável separado para nenhum .NET. Isso é o mais próximo que você chegará. Não há como fazer isso dentro do arquivo .INF.