É sempre possível que o seu antivírus não goste dessas pastas, pois é o candidato mais provável para exclusões por atacado. Além disso, o fato de que nenhum vírus foi encontrado não significa que você não esteja infectado.
Tente inicializar no modo de segurança e veja se o problema ocorre novamente.
Se isso acontecer, então o seu Windows é lavado. Do chkdsk, e se nada for encontrado, reinstale o Windows.
Se isso não acontecer, algum produto instalado está fazendo isso. Desinstale produtos um após o outro, começando com os mais prováveis (como o antivírus), até que isso pare de acontecer. Você também pode tentar o Autoruns para Windows para desativar os itens de inicialização em vez de desinstalá-los.
Desculpe, não posso dar uma resposta mais alegre. É melhor esperar por mais respostas antes de iniciar as desinstalações em massa - talvez outra pessoa tenha uma ideia melhor. Eu também sugiro fazer um backup de todo o disco rígido, para poder retornar ao estado atual se as coisas correrem mal.