Não, isso não está certo. Você deve ter instalações separadas do PHP para o IIS e Apache para que os arquivos de configuração possam ser ajustados para cada um.
Você pode ter instalações completamente separadas do PHP em execução para cada servidor. Na verdade, existem pacotes que você pode baixar com Apache + PHP + MySQL pré-empacotados e prontos para serem usados. Eu recomendo XMAPP . Isso permitiria que você configurasse uma pilha Apache + PHP separada para usar, como você disse, com uma porta diferente em execução. Você pode até mesmo configurar o IIS ou o apache para atuar como um proxy reverso para ter um certo ponto de URL para o outro servidor.