Eu tenho uma caixa do Windows Server 2008 R2 com o recurso Desktop Experience ativado, então tenho o tema Aero Basic funcionando (porque acho que o 2008R2 no Classic Mode é uma experiência ainda pior se comparado ao do Vista).
Quando eu inicio um programa a partir de seu botão na barra de tarefas, o processo do explorador congela por alguns instantes e o botão iniciar obtém um plano de fundo branco.
Aqui está uma captura de tela:
Após aproximadamente 20 segundos, o Explorer descongela e o programa que eu queria executar é finalmente lançado.
Eu já dei uma olhada com o AutoRuns e não consigo encontrar extensões de shell incomuns que possam estar causando essa lentidão.