Use um software de backup / clone de partição de terceiros. Infelizmente eu não uso nenhum desses softwares, mas tenho certeza de que uma pesquisa no google vai aparecer bem. Se eles suportarem linha de comando ou não, é um assunto completamente diferente.Obviamente você não pode copiar um sistema operacional enquanto você está logado, mas eu suponho que você já sabe disso.
Também posso perguntar por que você precisa de uma ferramenta de linha de comando para isso, não para a GUI?