Isso pode realmente ser qualquer coisa, mas não é provável que seja um malware - a maioria (mas obviamente não todos) de malware moderno nem sempre é muito sobre causar danos em si, mas eles são projetados para passar despercebidos para eles mesmos e então danificar alvos remotos e / ou extrair informações.
Se for sempre, o seu Anti-Virus pode ter algum tipo de erro ou estar direcionando um arquivo crítico do Windows como um falso positivo.
Para tentar evitar isso, eu realmente preciso de mais informações - como você resolve o problema? Qual é o arquivo que é removido? E qual antivírus você usa?
Além disso, se você ainda tiver problemas, recomendo mudar para um bom antivírus, como Microsoft Security Essentials que funciona muito bem.