Eu não me preocuparia muito sobre como esse aspecto afeta a velocidade do Thunderbird, mas a maneira mais fácil de configurar o Thunderbird para verificar as contas POP em momentos diferentes é dizer a um para verificar se há e-mails a cada 5 minutos, o segundo para verifique a cada 6 minutos, e o terceiro para verificar a cada 7 minutos (ou algo parecido).
Outra coisa que você pode tentar é acelerar: se você não faz buscas com frequência e não se importa em esperar mais tempo, vá para Ferramentas, Opções, Avançado, Geral e desligue "Ativar pesquisa global e indexador". Veja se isso acelera as coisas.