Eu investiguei mais e se você usar os menus normalmente, ele cria uma anotação quando você usa o item de menu "Mover para pasta". Minha situação é que eu tenho um script Autohotkey que simula Ctrl + Shift + V, em seguida, em seguida, a primeira letra da caixa que eu precisava para mover o e-mail para, em seguida, pressiona entrar. (Basicamente, para que minha caixa postal do Outlook tenha uma função "Arquivo" como o Gmail. Aperto a tecla A e a mensagem desaparece da caixa de entrada.) Quando as teclas são simuladas via AHK, elas não criam a nota.
Consigo recuperar essas mensagens usando a opção de menu "Recuperar itens excluídos" em ferramentas. As mensagens não estão na minha pasta Itens Excluídos, por isso não sei exatamente o que acontece com elas.
Moral da história? SEJA FREAKING CUIDADOSO COM AUTOHOTKEY!