Primeiro, consultei o o site da ALSA , porque os drivers de som são enviados fora de sincronia com as atualizações usuais do Ubuntu. Para Intel HDA especialmente, a recomendação é instalar o alsamixer e depois ir jogando com as configurações.
$ sudo apt-get install alsamixer
$ alsamixer
Então eu descobri que as configurações padrão para "Digital Input Source" estão incorretas. Deve ser "analógico".