Provavelmente nem mesmo um problema para você depois de todo esse tempo, mas eu estava tendo um problema muito parecido e esse foi um dos primeiros posts a aparecer no Google, então espero que isso ajude outras pessoas.
No Nautilus, clique em vista > Mostrar arquivos ocultos, em seguida, a partir do seu diretório home, vá para /.config/ lá você encontrará um arquivo chamado user-dirs.dirs, que contém as entradas em 'Computador'.
CERTIFIQUE-SE DE RESPEITAR QUALQUER COISA QUE VOCÊ MUDE
Se você alterar, por exemplo, XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Downloads para apenas XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/" , a pasta de downloads não aparecerá mais em "Computador" na barra lateral.
Você também pode comentar apenas todas as linhas e, nesse caso, exibirá apenas 'Home', 'File System' e 'Trash'. Ele manterá esses outros diretórios como marcadores, para que você possa fazer o que quiser com eles.
Isso não removerá completamente a entrada "Computador", apenas removerá suas entradas, mas fará com que pareça consideravelmente mais limpo. Desculpe, não posso ajudar na entrada "Rede".
Fontes: experiência pessoal tentando restaurar entradas ausentes em "Computador".