Algumas coisas para tentar:
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Verifique se você está executando o Snort como root (ou um usuário com permissões para cair no modo promíscuo.)
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Verifique se sua configuração é válida. (
snort -t -c snort.conf
eu acredito.) -
Se tudo mais falhar, pergunte no fóruns em snort.org. Eles estão útil.