Isso é estranho, pois suponho que você esteja usando o mesmo liveCD para particionar e instalar, certo? Então eu não vejo como o sistema vê o seu HD no primeiro caso e não no segundo. Você reinicializou a máquina entre o particionamento e a instalação? Se não, eu tentaria primeiro isso.
Como uma segunda opção (isso não é realmente uma solução, mas uma solução possível), eu tentaria o CD de instalação alternativo (disponível no site do Ubuntu) que é baseado em texto.
Existe alguma coisa particular sobre a sua configuração HD? (Como volumes virtuais ou configurações de ataque?).