Tente redefinir o ambiente da área de trabalho, se você estiver usando a unidade, faça o seguinte:
unity --reset
Se isso não resolver o problema, tente reinstalar a unidade (suponho que você esteja usando a unidade):
sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
sudo apt-get install unity
Adicionado: Se isso falhar, tente fazer o seguinte, para redefinir completamente todas as alterações feitas pelo Compiz:
Instale o dconf-tools: sudo apt-get install dconf-tools
Redefinir Compiz e Unity: dconf reset -f /org/compiz/
Redefinir unidade: setsid unity
Se isso também falhar, talvez a exclusão dos arquivos de configuração possa ajudar:
rm -rf ~/.compiz-1
rm -rf ~/.config/compiz-1
Por fim, você pode tentar o seguinte:
sudo apt-get install dconf-tools
dconf reset -f /org/compiz/
unity --reset-icons