Se bem me lembro, existe uma maneira de dizer ao KDE para não salvar certos aplicativos. Você deve adicionar emacs à lista "não salvar" do KDE, e então adicionar "emacs --daemon" aos seus programas de inicialização.
Caso contrário, você sempre pode adicionar algo assim aos seus programas de inicialização:
#!/bin/sh
emacsclient -e '(kill-emacs)' # try a graceful kill first
pkill emacs
rm -f /tmp/emacs'id -u'/server
emacs --daemon