Seu maior problema será o registro, metade do benefício de uma nova instalação é o registro limpo. Você pode fazer backup de c: \ users \ myusername e colocar esses arquivos de volta após a nova instalação.
Você pode até junção (mklink / j) c: \ arquivos de programas e c: \ arquivos de programas (x86) de volta ao seu disco rígido. Você terá que inicializar o Windows a partir do disco de instalação, vá para o prompt de comando e crie a junção sem o Windows em execução. Caso contrário, é uma pasta protegida.
No entanto, você precisaria extrair as entradas de registro relevantes para cada pacote de software. Se todos os seus programas fazem parte do CloneApp, mas este não é o caso.
Você teria que monitorar a instalação de cada programa com algo como sandboxie ou monitor de processo. De qualquer forma, é muito trabalho.
Você pode exportar HKEY_USER, HKEY_CLASS_ROOT, HKEY_CURRENT_USER e parte de HKEY_LOCAL_MACHINE, mas apenas arrastar todo o peso morto com você. Você perde um pouco do benefício de uma nova instalação, quanto mais importar diretamente, pior é.
Agora, se você reinstalar os programas e desta vez monitorar o registro na próxima vez que você estiver preparado. No entanto, este é um esforço muito demorado.