FYI, corrijo isso executando:
which -a python
Isso me deu dois binários python diferentes:
/usr/local/bin/python
/usr/bin/python
onde /usr/bin/python foi o original.
Ambos os caminhos eram links simbólicos para python2.7 nos mesmos diretórios, ou seja, /usr/bin/python era um link simbólico para /usr/bin/python2.7 e assim por diante.
Eu simplesmente criei uma ligação simbólica com o /usr/local/bin/python to /usr/bin/python2.7 e os conflitos foram resolvidos.
Não sei se esta é a melhor solução, mas parece funcionar.