Para adicionar um comando / script a ser executado, basta editar o registro do sistema operacional Windows a ser alterado.
chave = > HKLM \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Executar e adicionar valor = caminho.
Comandos / scripts que exigem direitos administrativos não podem ser executados desta forma ( veja o UAC ).
a) Google para editar o registro do Windows no Linux (não se lembre do nome da ferramenta).
b) No Windows, você pode editar outro registro do sistema operacional Windows ao carregar a seção do Registro, como "SISTEMA" ou "SOFTWARE", de drive_letter: \ Windows \ System32 \ config. Após editar, descarregue a seção.
Tenha cuidado ao editar o registro do Windows;)