Você deve ter, entre outras regras iptables , uma que declare:
sudo iptables -L
Chain INPUT (policy ACCEPT)
target prot opt source destination
ACCEPT all -- anywhere anywhere state RELATED,ESTABLISHED
Se não o fizer, pode configurá-lo da seguinte forma:
sudo iptables -A INPUT -m conntrack --ctstate ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
ou, se isso não funcionar,
sudo iptables -A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
Desta forma, a sessão a partir da qual você está modificando os iptables certamente não será afetada.
Agora você pode começar a modificar iptables como quiser e, quando quiser tentar uma nova regra, apenas inicie a partir do seu PC cliente uma sessão ssh distinta . A regra ESTABLISHED, RELACIONADA, não se aplica a esta nova sessão, para que você possa ver ao vivo se seus novos conjuntos de regras o interromperam, sem nenhum risco.