Execute um comando CHKDSK (Verificar disco) em um prompt do DOS em nível de administrador ou em Propriedades do disco (clique com o botão direito do mouse em meu computador: Propriedades: guia Ferramentas: botão "Verificar agora" no windows 7). Isso irá verificar a estrutura do diretório, que soa como o problema aqui. Eu sou a velha escola, então eu geralmente digito isso em um prompt de comando e se a unidade era F: então seria -
CHKDSK F: /F
Eu gosto de fazer isso sem o sinalizador / F para começar, para que seja "somente leitura" e você pode ver quais problemas provavelmente serão corrigidos se você executá-lo no modo de correção. O que você está esperando, na maioria das vezes, é "Nenhum problema encontrado". Para um USB, isso deve ocorrer a qualquer momento, supondo que os arquivos não estejam abertos, na unidade C, você precisa agendá-lo para uma reinicialização.
Às vezes, uma unidade não será exibida, pois a letra da unidade atribuída está em conflito. Isso não soa como o problema aqui, mas uma olhada em DISKMGMT.MSC
pode ser uma coisa boa também (digite isso em Iniciar: Executar). Isto irá dizer-lhe como a unidade se formatado e as partições, e seu "Status" (Saudável?).
O seu USB pode ter entrado nesse estado ao ser retirado na hora errada e não ter sido desmontado normalmente.