A perda de dados é mais provável durante o particionamento, e se algo der errado com a configuração de inicialização, você pode não ter o backup correto de qualquer maneira (Mas essa informação deve ser fácil de fazer backup?).
Embora seja melhor configurar um sistema de backup antes de depois (talvez os arquivos mais importantes sejam armazenados em backup na nuvem).
Além disso, você deve pensar em como seu sistema é particionado, talvez fazer com que a unidade do sistema fique enxuta movendo o arquivo de paginação, os arquivos temporários, os dados, etc. para fora da unidade do sistema.