Maior que um desenvolvedor escreva um programa para você. É algo que pode ser feito facilmente com software de código aberto para bancos de dados e coisas do tipo. Você terá uma solução personalizada que é exatamente o que você quer (se você encontrar o desenvolvedor certo), e você pode se sentir bem em ajudar alguém a colocar comida na mesa por mais uma semana. : -)
Uma opção muito boa seria ter um site com contas para seus clientes entrarem e fazerem faturas sem papel. Ele dá a você mais controle sobre as informações que eles vêem, com que frequência você pode atualizá-los e você sabe quando e se eles o viram (logs de acesso). Isso é algo que nenhuma fatura "enviada" pode fornecer. Nunca tenha que ouvir que eles "nunca receberam a fatura ...". Então você pode aceitar pagamentos on-line diretos e simplificar isso também.