Eu experimentei o problema que você descreveu há algum tempo. Os seguintes passos finalmente resolveram o problema para mim.
Abra o IE, clique na engrenagem no canto superior direito. Selecione opções de internet e vá para a guia avançada. Clique na opção que redefine as configurações avançadas, clique em aplicar. Reinicie o IE.
Eu encontrei esta solução enterrada em um monte de comentários no blog da Adobe Air e Flash Player. O comentarista realmente o usou para resolver um problema diferente com o Flash (o conteúdo em Flash está sendo exibido no canto superior esquerdo da tela), mas funcionou também para o problema de travamento que eu estava passando.