Eu fiz alguns relatórios no Excel (com e sem VBA) e no Access. Relatórios no Excel e Access têm seus próprios lados strongs e fracos. Sem ser mais específico, não posso te ajudar bem.
Se você for com a solução do Access, precisará usar o VBA e gastar pelo menos alguns dias configurando as coisas. Nesse caso, você também pode considerar usar o VB6 e escrever aplicativos autônomos - o código é quase exatamente o mesmo, mas a depuração é muito melhor no VB6, do que no VBA (quero dizer: classes de depuração). E você pode facilmente usar o sistema de controle de versão.
Quanto ao Excel:
Se você confiar em fórmulas, os relatórios no Excel poderão ser alimentados de forma confiável somente em pastas de trabalho já abertas. As pastas de trabalho abertas não atualizam seu conteúdo se outro programa tentar gravar nele (adicionar novas linhas a uma tabela).
Portanto, para a parte de atualização, você precisa de algum tipo de automação do VBA, mas ela será muito pequena e simples.
O Excel tem fórmulas e você pode fazer milagres com elas. Pessoalmente acho mais fácil e mais rápido trabalhar com fórmulas do que com código VB. Se você basear seu relatório em fórmulas, terá a interatividade de graça. Para formatar gráficos dinamicamente, você deve usar VB (A).
Relatórios longos baseados em fórmulas geralmente levam muito tempo para serem calculados.