Eu usei o Acronis True Image para fazer exatamente isso. Eu fui de uma unidade de 5400 RPM para um SSHD com SSD de 64GB e um prato de 7600 rpm. Botas como relâmpago.
É de longe o melhor programa de backup disponível para o Windows. Ele pode restaurar todo o seu sistema para uma nova unidade e ele será inicializado como antes.
Esqueça o Clonezilla. É muito limitado, especialmente com sistemas de inicialização dupla.