o caminho correto seria com NPAPI ou um manipulador de protocolo. Verifique a documentação do Google sobre como lidar com isso.
Observe que, se você precisar manipular o código nativo com uma extensão de navegador, incorpore um pequeno servidor HTTP em um aplicativo nativo e, em seguida, chame pela extensão do navegador. Permite que você praticamente codifique o que você precisa.
O estouro de pilha teve muitas discussões sobre essas coisas. connect-openvpn-in-chrome-extension